Análisis del Algoritmo Genético Celular para el Problema de Ensamblado de Cadenas de ADN
Contenido principal del artículo
Resumen
n este trabajo, presentamos un análisis del comportamiento de un Algoritmo Genético Celular (cGA) aplicado al Problema de Ensamblado de cadenas de Ácido Desoxirribonucleico (ADN- FAP). Se construyeron 12 configuraciones para algoritmo basadas en dos operadores de mutación y dos tamaños de población. Luego de analizar los resultados obtenidos por las distintas configuraciones sobre instancias de la literatura se muestra claramente que los valores obtenidos considerando la utilización de operadores no adaptados al problema son promisorios a nivel de cubrimiento y alineamiento de cadenas de ADN.
Detalles del artículo
Citas
DÍAZ, B. D. (2006). Diseño e implementación de algoritmos genéticos celulares para problemas complejos. UNIVERSIDAD DE MÁLAGA. Tesis de Maestría.
ENGLE, M. L., y Burks, C. (1993). Artificially generated data sets for testing DNA sequence assembly algorithms. Genomics, 16(1), 286–288. https://doi.org/10.1006/geno.1993.1180
GREEN, P. (2009). Phrap, version 1.090518, http://phrap.org.
MALLÉN-FULLERTON, G. M., y Fernández-Anaya, G. (2013, June). DNA fragment assembly using optimization. IEEE congress on evolutionary computation (p. 1570-1577). https://doi.org/10.1109/cec.2013.6557749
MINETTI, G., Alba, E., y Luque, G. (2008). Seeding strategies and recombination operators for solving the DNA fragment assembly problem. Information Processing Letters, 108(3), 94-100. https://doi.org/10.1016/j.ipl.2008.04.005
MINETTI, G., Leguizamón, G., y Alba, E. (2012). SAX: a new and efficient assembler for solving dna fragment assembly problem. 41 Jornadas Argentinas de Informática. Simposio Argentino de Inteligencia Artificial.
MINETTI, G. F. (2011). Problema de ensamblado de fragmentos de adn resuelto mediante metaheurı́sticas y paralelismo. UNIVERSIDAD NACIONAL DE SAN LUIS, ARGENTINA. Tesis de Maestría.
PEVZNER, P. (2000). Computational molecular biology: An algorithmic approach. MIT Press.
SUTTON, G. G., White, O., Adams, M. D., y Kerlavage, A. R. (1995). TIGR assembler: A new tool for assembling large shotgun sequencing projects. Genome Science and Technology, 1(1), pp. 9–19. https://doi.org/10.1089/gst.1995.1.9
VIDAL, P., y Olivera, A. (2018). Ensamblado de fragmentos de adn utilizando un novedoso algoritmo de luciérnaga en GPU. DYNA, 85(204). https://doi.org/10.15446/dyna.v85n204.60078
VIDAL, P., y Olivera, A. C. (2014). A parallel discrete firefly algorithm on GPU for permutation combinatorial optimization problems. En G. Hernández y cols. (Eds.), High performance computing. 485, 191-205. Springer Berlin Heidelberg. https://doi.org/10.1007/978-3-662-45483-1_14